Ayasofya, başlangıcından itibaren yaklaşık on altı asır mabed olarak kullanılmıştır. Bunun sekiz asrı kilise dönemi ise de yine içinde insanlar ibadet amacıyla toplanmışlardır.
İlk yapılıştan itibaren sık sık yangınlar ve depremler geçirmiş, yıkılıp harap olmuştur. Özellikle kubbesi çökmüş ve defalarca tamir edilmiştir.
Ayasofya, en büyük tahribata IV. Haçlı Seferleri sırasında uğramıştır.
Katolik Haçlı Ordusu, İstanbul'u (Konstantiniyye)yi 13 Nisan 1204 yılında ele geçirdiklerinde gece-gündüz olmak üzere üç gün boyunca şehirde terör estirmiştir. Sarayları, kiliseleri, manastırları talan edip kutsal sayılan bir çok eşyayı İtalya'ya taşımışlardır. Binlerce kadın, erkek, yaşlı ve kadını öldürmüşler, rahipleri ve keşişleri katletmişlerdir. Ayasofya'da kitleler halinde kızların, kadınların ve rahibelerin ırzına geçmişlerdir. Saraylılar, asiller hatta ömrünü Tanrı'ya adamış olan rahibeler bile bu gözü dönmüş Haçlı Ordusu'nun tecavüzüne maruz kalmışlardır. Şehir, harabeye dönmüştür. Hızlarını alamayan Katolikler, bir fahişeyi de Patrik kürsüsüne oturtmuşlardır. İstanbul'da Latin İmparatorluğu adıyla 57 yıl süren bir imparatorluk kurmuşlardır.
Sonra Bizans, İstanbul'a tekrar hakim olmuştur ama Haçlı Ordusu'nun yaptıklarını asla unutmamışlardır. Onun için Türklerin İstanbul'u kuşatmasına o kadar da karşı çıkmamışlardır. İstanbul'un fethi sırasında Bizans erkanından Lucas Nataras "Bu şehirde Latin serpuşu/Katolik külahı görmektense Türk sarığının hakimiyetine tanık olmak evladır" diyebilmiştir.
Ayasofya, şüphe yok ki İstanbul'un incisidir. Bizans için imparatorluk sembolüdür. Fatih için kızıl elmadır. Onu gözü gibi korumak, tertemiz teslim almak istiyordu. Fetihten birkaç yıl önce yine bir depremde zarar gören Ayasofya'nın kuzey tarafını tamir etmek üzere Edirne'den Ali Neccar adında bir Türk mimarı göndermişti. Gerekli takviyeyi yapan mimar, Edirne'ye dönüşünde müstakbel minarenin kaidesini de hazırladığını söylemişti. Yani Fatih, fetihten önce de Ayasofya'yı koruma altına almıştı.
Fetihten önce Sultan Mehmet Han, Bizanslıların gönlünü fethetmişti. Onun için Rumlar, Türk sarığını özler hale gelmişlerdi. Bin bir güçlükle İstanbul fethedildiğinde kadınlar, kızlar sokaklara dökülmüş, Sultan'ı çiçeklerle, güllerle karşılamışlardı. O, atını doğru Ayasofya'ya sürdü. Ayasofya'nın bir kiremitini koparmaya çalışan askerine engel oldu. O ulu mabedi koruması altına aldı. Fetihte kendisine ayırdığı Ayasofya'yı Cami-i Kebir olarak vakfetti. Ayrıca bu vakfı ayakta tutabilmek için pek çok emlakin gelirlerini de ona tahsis etti.
Vakfiyesinin sonundaki şu cümleler çok anlamlıdır:
"Ayasofya, kıyamete kadar cami olarak vakfedilmiştir. Bunu Allah'a ahirete, O'nun heybetine inanan hiçbir yaratık değiştiremez.
Kim ki bozuk tevillere, hurafere dayanarak batıl gerekçelerle bu şartların birini değiştirirse ve hükümlerinden birini tağyir ederse, vakfın ibtadi için gayret gösterirse, vakfın ortadan kaldırılmasına kast ederse… Allah'ın, meleklerin ve bütün insanların laneti üzerine olsun. Ebediyyen cehennemde kalsınlar, onların azapları asla hafifletilmesin ve onlara ebediyen merhamet olunmasın…"
Bu cümleleri ilk defa 1965 yılında Din Görevlileri Derneği'nin yayınladığı Hakses Dergisi'nin eki olarak çıkan "Ayasofya" isimli kitapçıkta okumuştum. Vakfiyenin sonundaki bu beddua karşısında irkildim Sanki beynime bir kurşun sıkılmış gibiydi.
Fatih, İstanbul'u fethettikten sonra artık çan sesi yeri ezan sesi, gök kubbede yankılanıyordu. Çan kulesi yerine minareler yapıldı. Yanına medrese, aşevi, muvakkıthane, kütüphane inşa edildi. Devrin en ünlü alimleri bu medreselerde hocalık yaptı, Ayasofya kürsüsünde vaaz etti. Zamanla minera sayısı dörde çıktı. Camiye hünkar mahfili eklendi. Haziresine türbeler yapıldı. Avlusuna sıbyan mektebi ve hamam inşa edildi.
916 yıl kilise, 481 yıl cami olarak hizmet vermiş olan bu mabedi, ecdadımız gözbebeği gibi korumuştu. Hatta İstanbul'un işgalinde bile Sultan Vahdettin Han, şahsını korumakla görevli olan 700 askeri Ayasofya'ya göndermişti. Onlar da Ayasofya kapısına dayanmış olan Fransız komutanına direnip Ayasofya'yı korumuşlardı.
Ayasofya işgal kuvvetlerince ele geçirilseymiş kubbesine asılacak Bizans bayrağı bile hazırmış. Vahdettin'in feraset ve dirayeti, buna engel olmuştur.
1930'larda Balkan Paktı kurma fikrinin tartışıldığı günlerde Cumhurreisi'nin Celal Bayar'a "Ayasofya'yı müze yapsak Yunanistan'a bir jest olur" dediği konuşuluyordu. Nizamettin Nazif Tepedelenlioğlu, o tarihlerde Bulgaristan'da toplanan "Bizans Eserlerini İhya Konferası"nda Ayasofya'nın camilikten çıkarılıp müzeye çevrilmesinin kararlaştırıldığını yazıyordu. Bir çok misyonerin iştirak ettiği bu kongreye İnönü de bir milletvekilini murahhas olarak göndermişti. Bu durumdan İnönü, Celal Bayar ve Şükrü Kaya haberdardı.
1931 yılında merkezi Amerika'da bulunan Bizans Enstitüsü adına misyoner Th. Whittemare, devletten özel izin alarak Ayasofya'daki Bizans mozayıklarını çıkartmaya başlamıştır. Bu çalışmaların sonucuna göre 24 Kasım 1934'te Ayasofya'nın kapıları ibadete kapatılmış ve müze yapılmıştır. Ancak ne hikmetse bu bakanlar kurulu kararıi Resmi Gazete'de yayınlanmamıştır.
Tek parti döneminde kimsenin itiraz etme durumu olamazdı. Muhalefet olmadığı için siyasi bir tepki de yoktu. Ama buna gönlü razı olmayanların ferdi çıkışları vardı. Mesela 1946 yılında Necip Fazıl Kısakürek, Büyük Doğu mecmuasının kapağında demir parmaklıklar arkasına hapsedilmiş bir Ayasofya Cami remini basarak "İmanımız Hapiste" manşetini atmıştı.Sürecek…