Peygamberimizin "Güneş, peygamberler hariç, Ebû Bekir'den daha faziletli bir insan üzerine doğup batmamıştır." Buyurduğu Hz. Ebubekir, fıtraten halim-selim, mütevazı, cömert, şefkat ve merhamet sahibi idi. Vazife ve mesuliyet hususunda ise zerre kadar müsamaha göstermeyen bir yapısı vardı. Fikirlerindeki isabeti, muamelatındaki doğruluk ve nezâketi, tecrübesinin genişliği, nefsi davranmaması, hayırseverlik ve samimiyetiyle herkes tarafından çok sevilirdi. Güler yüzlü, hoş sohbet sahibi,  muamelesi ve ahlâkı güzel vefalı bir dost idi. 
Müslümanlar Medine'ye hicret etmeye başlayınca, Hz. Ebû Bekir de hicret için Peygamberimizden izin istemişti. Peygamberimiz ona acele etmemesini, Allah'ın kendisine bir arkadaş bulacağını söyleyince, Peygamberimiz ile birlikte hicret etme şerefine nâil olacağını anlayarak, hazırlık yapmaya başlamıştır. Bu konuşmadan dört ay sonra Peygamberimiz, Kureyşliler kendisini öldürmeye karar verince, Ebû Bekir'in evine gelerek Medine'ye hicret yolculuğunun başladığını bildirir. Sevr mağarasına doğru hareket ederler. Peygamberimiz, kendilerini takip eden müşriklerin, mağaranın ağzına kadar gelmeleri üzerine korkuya kapılan, Hz. Ebû Bekir'e onların kendilerine zarar veremeyeceğini ifade ederek: "Allah bizimle beraberdir üzülme" demiştir. Hz. Ebû Bekir bu özel durumu sebebiyle Türk ve İran edebiyatlarında "yâr-ı gâr (mağara dostu, can yoldaşı) ifadesiyle anılmıştır. Medine'de evinde misafir olduğu Hârice b. Zeyd ile arasında kardeşlik bağı kurulmuştur. Hârice b. Zeyd 'in, servetini kendisiyle paylaşma teklifini kabul etmeyerek, hicret ederken yanına aldığı paradan artakalan 5000 dirhemle Medine'de ticarete başlamıştır. Oğlu Abdullah'a mektup yazarak Mekke'de kalan ailesini Medine'ye getirmesini ister. Abdullah da kız kardeşleri Esmâ ve Âişe ile annesi Ümmü Rûmân, Hz. Peygamber'in hanımı Sevde, kızları Fâtıma ve Ümmü Gülsüm ile birlikte Medine'ye gelirler.
Hz. Ebû Bekir hicretten sonra Peygamberimizin 'in Mescid yapılmasını uygun gördüğü arsayı satın alarak Medine'deki faaliyetlerine başlar. Mekke döneminde olduğu gibi, Medine döneminde katıldığı seriyyeler ve 9. yılda (631) hac emiri tayin edildiği günler dışında Hz. Peygamber'in yanından hiç ayrılmamıştır. Peygamberimizin bulunduğu bütün savaşlarda, Hudeybiye Antlaşmasında, Umretü'l-kazâ ve Vedâ haccında da bulunmuştur. Peygamberimiz Bedir Gazvesi'ne karar vermeden önce onunla istişare etmiştir. Hz. Ebû Bekir, Peygamberimiz için kurulan kumandanlık karargâhında bulunanlardan idi. Bedir'de alınan esirlere nasıl davranılması gerektiği konusunda Peygamberimiz onun görüşüne uymuştur. Uhud 'da savaş müslümanlar aleyhine gelişme gösterdiği andan itibaren de vücudunu peygamberimize siper eden birkaç sahabeden birisi idi.
Hicretin 6. yılında müslümanlar Hudeybiye 'de, Kureyşli süvarilerle karşılaştıkları zaman da Peygamberimiz yine onunla istişare etmiştir. Hudeybiye Antlaşması üzerine nâzil olan Feth sûresini en iyi anlayanlardan biri olarak, umre yapılmadan Medine'ye dönme kararını bir türlü kabul edemeyen Hz. Ömer'i, Hz Ebubekir ikna etmiştir. Mekke'nin fethinde İslâm ordusu şehre girdiği zaman da doğruca babasının yanına giderek onu Hz. Peygamber'in huzuruna getirmiş ve müslüman olmasını sağlamıştır. Böylece sağlığında annesi, babası ve bütün çocukları müslüman olan yegâne sahâbî olmuştur. (İbn Sa'd, V, 451). Hz. Ebû Bekir Huneyn Gazvesi ve Tâif Muhasarasına da katılmıştır. Tebuk Gazvesinde Peygamberimizin kendisine verdiği sancağı taşımış ve ordunun bu gazveye hazırlanması için bütün servetini Peygamberimizin emrine tahsis etmiştir. Hicretin 9. yılında (631) Peygamberimiz onu 300 sahâbî ile Emir'i hac tayin etmiş ve haç farizasını yerine getirmiştir. Bir yıl sonra da Peygamberimiz ile birlikte Vedâ haccına da katılmıştır.
Peygamberimiz, İslâmiyet'e ondan daha faydalı kimseyi tanımadığını, insanlar arasında bir dost edinecek olsa onu tercih edeceğini söylemiştir. Peygamberimiz, Namaza çıkamayacak kadar hastalanınca da namazı Hz Ebû Bekir'in kıldırmasını istemiş ve kendisinden sonraki halifenin kim olacağına da işaret etmiştir. Peygamberimiz pazartesi günü kendini iyi hissederek sabah namazı için mescide gider ve namaz kıldırmakta olan Ebû Bekir'e uyarak namazını kılar. Peygamberimizin iyileşmesine bütün sahâbîler gibi çok sevinen Hz. Ebû Bekir namazdan sonra kendisini ziyarete gider. Birkaç saat sonra da peygamberimizin vefatını öğrenir. Onun hücre-i saadetine girerek yüzünü açar, alnından öper ve daha sonra da mescide geçer. Hz Muhammet öldüğüne göre eski dinimize dönelim diyenler olduğu gibi, başta Hz. Ömer olmak üzere şaşkınlık içinde bulunan ve Hz. Peygamber'in vefatına bir türlü inanmak istemeyen sahâbîlere "Muhammed, ancak bir peygamberdir. Ondan önce de peygamberler gelip geçmiştir. Şimdi o ölür veya öldürülürse gerisingeriye (eski dininize) mi döneceksiniz? Kim gerisingeriye dönerse, Allah'a hiçbir zarar veremez. Allah, şükredenleri mükâfatlandıracaktır" (Âl-i İmrân 144) Ayetini okuyarak ashabı sükûnete davet eden meşhur konuşmasını yapmıştır. Ensar'ın Benî Sâide'de toplanarak halife seçimi konusunu görüştüğünü öğrenince, Hz. Ömer'le birlikte oraya giden Hz. Ebû Bekir, Ensar ve Muhacirlerden birer emir seçilmesini isteyen sahâbîlere bu görüşün doğru olmadığını, İslâm birliğini sağlamak için tek lider etrafında toplanmak gerektiğini söyler. Aday olarak da Hz. Ömer'le Ebû Ubeyde b. Cerrah'ı gösterir. Fakat sahâbîler onun halife olmasını uygun görerek Mescid-i Nebevî'de kendisine biat ederler. 
Hz. Ebû Bekir, takip edeceği siyasetin genel esaslarını ortaya koyan meşhur hutbesinde müslümanların en iyisi olmadığı halde onlara başkan seçildiğini ifade ederek, doğru hareket ederse kendisine yardım etmelerini, yanlış davranırsa doğrultmalarını, Allah'a ve Resulüne itaat ettiği müddetçe kendisine itaat etmelerini ister. Allah Resulünün sadık ve vefalı dostunu rahmetle anıyoruz. Ruhu şâd olsun.