Fetihle ele geçirilen toprakları eski sahiplerine bırakan Hz. Ömer bu topraklarda tarıma devam edilmesini, arazilerin ekilip verimli hale getirilmesini, üç yıl üst üste ekilmeyen toprakların geri alınmasını istemiş, ziraatın gelişmesi için tedbirler almış, ölü toprağı ekip ihya eden kimsenin bu toprağa sahip olacağını bildirmiştir.
630 Yılında (Tevbe 29) cizye âyeti nâzil olunca, bu çok geniş coğrafyada yaşayan Yahudi,  Hristiyan ve Mecûsî gibi gayri müslim halka uygulanmaya başlanmış, ödedikleri vergi karşılığında kendilerine Allah ve Resulünün zimmeti (himayesi) verilmiş; çocuklardan, kadınlardan, fakirlerden, mâbed gelirleriyle geçinen din adamlarından ve sonradan müslüman olanlardan bu vergi alınmamıştır. Bu vergiyi ödemede zorlananlara ise kolaylıklar tanınmıştır. Suriye Valisi Ebû Ubeyde b. Cerrah, cizye aldığı Humus halkını Bizans'a karşı koruyamayacağını anlayarak şehri terk etmek zorunda kalınca onlardan topladığı vergiyi geri vermiştir. Aynı uygulamanın Suriye'nin diğer şehirlerinde de yapıldığı bilinmektedir. Humus halkı, müslümanların bu güzel davranışını gördükten sonra müslümanların lehine casusluk yapmış ve topladıkları Bizans ordusuyla ilgili bilgileri kendilerine vermişlerdir (Ebû Yûsuf, II, 191-197). Hz. Ömer, cizye için belirlenmiş sabit bir miktar söz konusu olmadığından meselâ Sevâd bölgesinde üç ayrı seviyede (12, 24 ve 48 dirhem), Suriye ve Mısır'da önceleri 2 dinar, sonraları 4 dinar (40 dirheme eşit) para ile bir miktar yiyeceği kişi başı yıllık vergi miktarı olarak kararlaştırmıştır.
Peygamberimiz ve Hz Ebû Bekir dönemlerinde olduğu gibi bazı yerlerde müşterek cizye diye isimlendirilen toptan yıllık vergi alındığı da olmuştur. Cizye ödemek istemediklerini söyleyen Hristiyan Benî Tağlib kabilesinden bu vergi yerine iki kat zekât vermeleri istenmiştir. Cizye miktarlarının belirlenmesinde her bölgede tedavülde olan para birimi esas kabul edilmiş, zaman zaman nakdî vergi yanında aynî vergiler de alınmıştır. Hz. Ömer, Suriye'ye seyahati esnasında cizye ödeyebilmek için dilenen yaşlı bir Yahudi'yi cizyeden muaf tutmuş, "Sadakalar ancak fakirler ve miskinler içindir..." (Tevbe 60) ayetindeki "miskinler "in Ehl-i Kitap'tan olan fakirler olduğuna hükmederek beytülmaldeki zekât gelirlerinden kendisine pay verilmesini emretmiştir. Câbiye'ye giderken gördüğü cüzzamlı Hristiyanlara da zekât verilmesini emretmiştir. (Fayda, Hz. Ömer Zamanında Gayr-ı Müslimler 123-201)
Hz. Ömer, fethedilen toprakları haraç vergisi karşılığında ziraatı iyi bilen eski sahiplerine bırakmıştır. Ekilebilir arazilerin alanına ve yetişen ürünün cinsine göre ister ekilsin ister ekilmesin yılda bir defa alınan bu vergi (harâc-ı vazîfe) ilk defa Sevâd (Irak), Suriye ve Mısır topraklarında uygulanmıştır. Bu uygulamayla hem tecrübesiz kimselerin mülkiyeti altında ortaya çıkabilecek verim düşüşü engellenmiş, hem toplanan haraç vergisi müslümanlara diğer fey gelirleriyle birlikte dağıtılmak suretiyle âdil bir gelir dağılımı sağlanmıştır. Savaşla ele geçirilen topraklardan alınan bu vergiye "task" adı verildiği görülmektedir (Ebû Ubeyd K?sım b. Sellâm 81). Ziraata elverişli olmayan topraklardan ve mesken alanlarından haraç alınmamıştır. Halife, haraç miktarlarının ve hangi topraklardan vergi alınacağının tespitinden önce Sevâd arazilerinin tahriri, ölçülmesi ve vergi miktarlarının belirlenmesi için Osman b. Huneyf ile Huzeyfe b. Yemân'ı görevlendirmiştir. Ekime elverişli olmayan yerlerin hesaba katılmadığı tahrir işlemleri sonucunda Sevâd'ın 36.000.000 cerîb (bir cerîb 1366 m2'dir) olduğu belirlenmiştir. Sâsânî vergi sistemi hakkında bilgi toplayan Hz. Ömer haraca esas birim alan ölçüsü olarak Irak ve Suriye'de cerîbini kullanmıştır. Mısır'da ise feddânı esas almış, vergi miktarlarının belirlenmesinde toprakların verimliliği, sulanabilir olması, tüketim merkezlerine ve pazarlara olan yakınlığı veya uzaklığı, ürünün cinsi gibi unsurları göz önüne alarak farklı miktarlarda vergi alınmasına karar vermiştir. Önce buğday, arpa ve hurmaya göre alınırken, Vali Mugire b. Şu'be'nin buğday ve arpadan daha pahalı ürünlerin bulunduğunu bildirmesi üzerine üzüm, zeytin, mercimek, susam, pamuk, yonca ve şeker kamışı yetiştirilen toprakların vergilerinde yeni düzenlemeler yapılmıştır. (Belâzürî, Fütû?, s. 331) Mısır'da da ekime elverişli alanlarla bunların verimlilik derecelerinin tespit edildiği belirtilmektedir (İbn Abdülhakem, s. 152-153). Ebû Yûsuf, Hz. Ömer'in vefatından bir yıl önce Sevâd'dan toplam 100 milyon dirhem haraç vergisi alındığını zikreder (Kitâbü'l-?arâc, I, 206).
Vergileri tespit eden Osman b. Huneyf ile Huzeyfe b. Yemân'a araziyi işleyenlere güçlerinin üstünde vergi yüklememelerini tembih eden Hz. Ömer bu vergileri toplamak üzere Kûfeliler, Basralılar ve Suriyeliler 'den en güvendikleri birer kişi göndermelerini istemiştir. Ayrıca her yıl bu bölgelerden Medine'ye çağırdığı onar kişiye toplanan vergilerin haksız yere alınmadığına şahitlik etmelerini istemiştir (Fayda, Hz. Ömer Zamanında Gayr-ı Müslimler, s. 51-121). Hz. Ömer, fetihlerden sonraki bazı gelişmeler üzerine zimmîlerden ve İslâm toprakları dışında yaşayanlardan (harbîler) ticaret malları vergisi (öşür) alınmasını kararlaştırmıştır. Basra Valisi Ebû Mûsâ el-Eş'arî'ye yazdığı mektupta harbîlerin tüccarlarından, onların müslümanlardan aldıkları onda bir nispetinde vergi almasını, aynı vergiyi yirmide bir nispetinde zimmîlerden, kırkta bir nispetinde müslümanlardan almasını emretmiştir. Müslümanlardan tahsil edilen öşrün zekât gelirlerine, harbî ve zimmîlerden alınan öşrün ise fey gelirlerine dâhil edilmesini istemiştir (Ebû Yûsuf, II, 171-176).
Medine'de merkezî bir idare kuran Hz. Ömer, sınırları çok geniş bir coğrafyaya yayılan devleti "emîrü'l-ceyş" adı verilen valiler eliyle yönetmiştir. Valiler, savaşları sevk ve idare etmeleri yanında gayri müslimlerle ilgili yukarıda anlatılan düzenlemeleri de uygulamaya koymuşlardır. Müslüman askerlerini, İslâm'a açılan bu yeni merkezlere yerleştirerek, onların buralardaki gayri müslimlerle birlikte yaşamasını ve bu yerlerin İslamlaşmasını sağlamışlardır. Kendisini rahmetle anıyoruz. Ruhu şâd olsun.